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琥珀酰亚胺酯(SE,也称为 NHS 酯)与伯胺反应,例如蛋白质中的赖氨酸残基。 琥珀酰亚胺酯标记通常用于结合蛋白质和抗体。 该反应需要目标蛋白上的胺基去质子化并与 SE 反应的碱性 pH,通常在 pH 8.3 的碳酸氢盐缓冲液中进行。 琥珀酰亚胺酯染料具有在水存在下随时间水解的缺点。 多磺化染料,例如 Alexa Fluor® 染料、DyLight® 染料和 IRDye® 尤其具有吸湿性,会加剧水解问题。
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不具有反应活性的染料游离酸,可用作相应染料偶联物的对照。